« J’annonce mon retrait du Conseil Théologique Musulman de France, comme j’ai quitté l’imamat et pour les mêmes raisons », a-t-il tweeté. Ces raisons sont liées à la création d’un Conseil national des imams (CNI) par le Conseil français du culte musulman (CFCM). Un projet qui ne reçoit guère l’assentiment du théologien musulman. « Ce sera sans moi », avait-il fulminé de colère. Selon lui, c’est un grand « mépris » à l’égard de tous les imams évoluant en dehors des fédérations membres de l’instance représentative du culte musulman.
Le dignitaire musulman voit d’un mauvais œil le projet de labellisation des imams. « Qui est-ce qui va me labelliser ? Des guignols ? C’est non ! […] Mais à qui confie-t-on les rênes d’un conseil des imams ? À des représentants de l’islam consulaire ! », s’était indigné le quadragénaire formé depuis l’âge de six ans aux sciences islamiques. M. Bajrafil a désormais choisi de poursuivre sa vie loin du Conseil théologique musulman de France et des mosquées d’Ile-de-France.